Clinton nằm ở 41 ° 50'49 "N 90 ° 12'26" W (41.846863, -90.207330).

Theo Cục điều tra dân số Hoa Kỳ , thành phố có tổng diện tích là 38.01 dặm vuông (98,45 km 2 ), trong đó 35,15 dặm vuông (91,04 km 2 ) là đất và 2,86 dặm vuông (7,41 km 2 ) là nước.

Clinton nằm trên bờ phía tây của sông Mississippi và là thành phố cực đông ở Iowa. Các quốc gia động vật hoang dã và Cá Refuge Upper sông Mississippi đi qua Clinton dọc theo sông.

Các hồ bơi của sông Mississippi trên Lock và Đầm số 13 là phần rộng nhất của con sông là 1,8 dặm (2,9 km) qua.